Đây là trường đại học ngoài công lập đầu tiên tại TPHCM đạt chuẩn kiểm định ngành Dược học theo Thông tư 04/2016/TT-BGDĐT, với tỷ số tiêu chí đạt yêu cầu là 92%.
Tính đến thời điểm hiện tại, ngành Dược học là chương trình đào tạo thứ 3 bên cạnh Quản trị Khách sạn và Kỹ thuật Điện – Điện tử được công nhận đạt chuẩn chất lượng cấp cơ sở giáo dục theo Thông tư 04.
Ngành Dược học Trường Đại học Nguyễn Tất Thành nhận giấy Chứng nhận đạt chuẩn Kiểm định chất lượng giáo dục theo Thông tư 04 BGDĐT
Trước đó, 4 chương trình Công nghệ Thông tin, Quản trị Kinh doanh, Ngôn ngữ Anh và Tài chính Ngân hàng của Trường cũng được Mạng lưới Đảm bảo chất lượng của hệ thống các trường đại học ASEAN (ASEAN University Network – Quality Assurance) công nhận đạt chuẩn kiểm định chất lượng giáo dục AUN-QA.
Tính đến nay, Trường đã có đến 1.500 đề tài nghiên cứu khoa học các cấp, gồm 30 đề tài cấp Nhà nước, 32 đề tài cấp Bộ, 24 đề tài cấp Sở, và 4 đề tài hợp tác quốc tế. Tổng số lượng bài báo công bố trong nước và quốc tế 3.000 bài, trên 1.000 bài bài báo đăng trong tạp chí trong nước và gần 2.000 bài được đăng trên tạp chí thuộc SCOPUS/ISI của các nhà xuất bản hàng đầu của thế giới.